Стоян Чомаков е родом от Копривщица. Около рождената му година има известни спорове – съществуват теории, според които той е роден през 1811, 1817 или 1819 година. Баща му умира рано и Чомаков е отгледан от по-големия си брат Салчо и вуйчовците си Големи Вълко и Големи Стоян. Първоначално той учи в основаното от вуйчо му килийно училище в Копривщица. През 1831 година се премества в гръцката прогимназия в Пловдив, а след това в съществувалото през 1836-1839 година училище на Теофилос Каирис на остров Андрос. Там негов съученик е Стоян Михайловски (в последствие приел името Иларион Макариополски). След закриването на училището продължава образованието си в гимназията в Атина, след това следва медицина в Пизанския университет, завършва във Флоренция и специализира хирургия в Париж през 1848 година.
Става първи градски лекар в Пловдив през 1848 година, а в същото това време е училищен настоятел и преподава френски език. На следващата година отваря и първата българска аптека в града.
Важна част от живота на д-р Стоян Чомаков е участието му в църковните борби на българите срещу гръцкото духовенство. По време на изпитите в гръцкото училище в Пловдив той произнася реч, в която се обявява срещу елинизацията и призовава българите да учат на български език. Противоречията между българи и гърци в града се засилват, след като новоназначеният митрополит Хрисант нарича българския език „цигански“ и много влиятелни българи, сред които Салчо Чомаков, Найден Геров, Георгаки Стоянович, призовават за неговото отстраняване (това става факт през 1857 година).
Османската власт се съгласява да признае създаването на български милет едва след сключване на уния с Римокатолическата църква. Това става факт в края на 1860 година и Йосиф Соколски е назначен за архиепископ. В същото време Иларион Макариополски е заточен в Атон. Поради тези събития Стоян Чомаков организира свикването на общобългарски събор в Цариград. Самият той става представител в него на Пловдивската и Софийската епархии.
След пристигането си в Цариград през пролетта на 1861 година и с подкрепата на руския посланик, Чомаков успява да издейства отстраняването на Йосиф Соколски, след което много други привърженици на унията оттеглят подкрепата си за нея. През март 1862 година Стоян Чомаков се завръща в Пловдив, където малко преди това е починала съпругата му. През май той отново заминава за Цариград, като представител на пловдивската община в Смесената комисия, създадена за преговорите с Патриаршията по „Осемте точки” (предвиждащи равнопоставеност между българи и гърци в рамките на патриаршията).
След Освобождението Стоян Чомаков влиза в политическия живот първо на Източна Румелия, където е народен представител в Областното събрание и от 1881 до 1884 година член на Постоянния комитет (изпълнителен орган в областта), а след това и в България – народен представител е в 4-то ВНС и 5-то и 6-то ОНС. През 1887 година за кратко е министър на просвещението в кабинета Константин Стоилов.
По данни от сайта Българска история
